Подскажите пожалуйста если лететь самолётом москва - калининград границы пересекаешь? И могут ли туда и оттуда улететь с долгами если есть ограничение выезд за пределы РФ?

Границы не пересекаются. Самолёт летит в обход Литвы через Ленинградскую область, потом вдоль стран Балтии над морем, не пересекая территорию ни одну из стран.

Как результат, - полет на один час больше прежнего времени.

Для граждан России не нужна никакая виза. Гражданин РФ просто летит из одной части своей страны в другую часть.

Для граждан других стран я не знаю порядок