Подскажите пожалуйста, не могу определиться с выбором отеля в токио.

Так вы смотрите не по расположению на карте, а по транспортной доступности. Может легко оказаться, что от отеля (1) и от отеля (2) ехать до Ханеды +/- одинаково. Но отель (1), который «с другой стороны вообще», это вообще неудобно, далеко от всего и не очень.

Смотрите вариант в 1-2 остановках поезда от ханеды.

Во первых, можно оттуда а уехать хоть до асакусы по 1 ветке, во вторых вечером погулять, есть храм и кафешки, ну и цена обычно лояльная.