Оформляю визу в Японию, ломаю голову над тем, какие билеты брать. Два варианта с пересадкой в Китае: 5,5ч или 20ч. Насколько часто задерживают рейсы из Москвы? Рискнуть и взять с меньшим ожиданием или лучше подстраховаться?

берите с меньшим, если у вас одна авиакомпания и самолет задержался из-за плана "ковер" например, то вас посадят на следующий рейс, который будет.

Мы взяли с длинным транзитом

Авиакомпания зачастую предоставляет отель бесплатно, если вы летите одной авиакомпанией. В нашем случае это China Southern Airlines

А длинный транзит взяли, чтобы пережить джетлаг в Китае, вместо потери дня в Японии на акклиматизацию

Если с джетлагом проблем не бывает, то берите короткий транзит

Я летел в Японию с пересадкой туда 5,5 ч( ночная ) - тяжеловато .

Обратно - 20 часов , комфортно , высыпаешься в отеле и можно пробежаться по городу.