Оформляем ВНЖ Португалии. Скажите пожалуйста те кто показывает доходы из РФ но проживает в другой стране .

Ну так не ставьте галку и все.

Если вы не живете в РФ больше 182 дней в конкретный год, вы нерезидент в рф и не можете получить сертификат о налоговом резидентстве. Даже если галку поставите, вас попросят дальше приложить копию заграна со штампами. Раньше так было.