Может ли отсутствие временной регистрации при наличии прописки в другом регионе повлиять на решение о выдаче визы Португалии?

Вряд ли повлияет. Сейчас удаленная работа - обычное дело, полно людей работают не там, где живут.

Я вообще по всей стране работаю в вечной командировке, компания в ЕКБ а прописка в Ростовской области. Такие времена

Обычно в визовом центре указывается какие регионы могут подаваться в нем. При подаче на итальянскую визу - есть строгое деление. Про португальскую не знаю, но предполагаю если документы у вас взяли, значит вопросов по этой теме не было, и так можно