Есть такой нюанс. Последние полгода оплачивал налог по ипив Грузии по ставке малого бизнеса от суммы пришедшей в банк.

Если у Вас в договоре четко прописано, что комиссии ложатся на Вас, то да, лучше оплачивать по суммам инвойсов. Если нет, то по суммам, пришедшим на счета. Можете подать новые декларации за нужные периоды (все, с момента неправильных сумм и до последней), они затрут предыддущие за эти периоды и все суммы пересчитаются с учетом пеней. Образовавшийся на счету в лк минус нужно доплатить. Как отслеживать расчеты, оплаты и все остальное, надеюсь, знаете