Скажите пожалуйста если уведомление о прибытии в Казахстан сделают позже чем в течение трёх дней, чем чревато? Будут ли какие то проблемы?

Да особо ни чем, в течении 7-10 дней можно подать, указав фактичнскую дату заеда. Но не позже.

Для иностранцев ничем. Для собственника жилья только если поймают, то штраф может быть. Поэтому если и делать, то всегда с текущей даты.