Скажите пожалуйста, у меня сыну 22 года, он гражданин Эстонии. Я гражданка РФ, в паспорте эстонская виза. Пустят ли меня сейчас в Эстонию?

Пустят, если он постоянно проживает в эстонии.

Он может вас перевести через границу за руку? у меня дочь, гражданка Германии специально за мной прилетела, виза приглашение от родственника.

Если сын живёт постоянно в РФ или имеет тесные связи с РФ типа гражданства РФ, это сыграет против Вас. В любом случае - берем с собой его свидетельство о рождении. И документ о смене Вами фамилии если менялась относительно указанной в свидетельстве Вашего сына.