В академик транскрипте у меня стоит, что я училась 4 года, а в Канаде в WES мне написал в репорте Bachelor's degree (three years). При заполнении профиля ЕЕ мне complete academic years писать 4 или 3?

В Канаде стандартный Bachelor можно учиться и 4 года. количество семестров 8. то есть академических 4 года.

Указывайте то количество лет, которое вы реально учились. Раз это 4 года было, значит, 4 года. То, что WES приравнял ваш диплом в канадскому образованию в 3 года, не меняет ситуации, что вы учились 4 года.