В конце сентября мы с мужем пересекли границу СПб-Финляндия по визе на основании работы ( на 2 года) на машине.

Никак. Только вывозить. У вас 6 месяц есть не для того, чтобы ездить на ней - а для того, чтобы заниматься процессом «растаможки». Во вторых, Вы входите в круг лиц, которые могут выехать и въехать в Финляндию. То что у вас могут возникнуть проблемы с пересечением русской границы - это не проблемы налоговой службы Финляндии. Так что вывозите машину, чтобы вам не пришёл счёт домой.