Если сделать Французскую визу, меня пустят в Эстонию? Или нужно въехать во Францию, а с Франции в Эстонию? Сколько дней из 90 мне можно находиться в Эстонии?

По идее это все Евросоюз, должны же.

Шенген он на то и шенген, что можно въехать в любую страну которая в него входит. Хоть все 90, но в идеале вы должны больше времени провести в стране выдавшей визу.