Хочу приехать в Германию из Испании и улететь от туда в Стамбул. В этом случае будут проблемы с вылетом ?

Не должны.

Возвращаться вообще можно хоть наземным путём.

Ну, а чтобы совсем спокойно было- вы ту бронь испанскую, которую будете держать наготове при пересечении границы Германии и потом отмените, не выбрасывайте . Спросят-покажете. Никто не будет проверять задним числом при выезде жили вы где-то или нет.

Летите с Богом

Нет

Вылететь из Шенгена вам никто мешать не станет. Если вы не в розыске.