Подскажите пожалуйста: при бронирование номера на двоих в Японии, то может так быть что заселился сначала один, а второй подъехал чуть позже? Или надо чтобы оба одновременно были при заселении?

Можно так. Предупредите просто.

Мы так заселились. Прилетели разными рейсами. Попросили второй ключ от номера выдать подруге, когда доберётся. Мы сами почти сразу убежали по городу гулять.

Думаю, что как везде - можно по-очереди заехать, вы же все равно регистрацию на ресепшен проходите