Подскажите, пожалуйста, по JR Pass - где его купить, я так поняла, что это надо делать заранее, еще в РФ? Как понять, где он будет работать помимо синкасенов?

На Jr он работает в том регионе, который указан. На синкансенах вроде ограниченно, докупать надо ещё билет.

Но если вы задаёте такие вопросы, то скорее всего этот пасс вам не нужен, без него больше сэкономите.

Общий jr пасс бесполезен, если только вы каждый день не собираетесь ездить в разные города (куда билет на синкансен стоит 14к иен)

Для классического маршрута (Токио/Киото/Осака) точно не нужен

Для маршрутов по конкретному региону можете подобрать региональный пасс

Покупается за пределами Японии, например в РФ :) действует не только на синкансен, но и на линиях JR в разных городах