Подскажите, у жены пмж Литвы (я гражданин литвы), но пребывания в литве у нее очень мало. Продлят или нет пмж? Или на усмотрение миграции?

Пребывание не в Литве - это пребывание с простановкой штампов пограничных, вне Шенгена? Или другой стране Шенгена?

Декларирование проживания в Литве или долги по содре есть?

ПМЖ не продляют, а просто выдают новую карточку, это не временный вид на жительство. Если у неё не было нарушений, то новую карточку выдадут. Нельзя отсутствовать за пределами ЕС дольше 12 месяцев подряд.

Ну и декларация места жительства должна быть к вас обоих