Не возникнет ли проблем с транзитом в Сингапуре при условии, что улетаю не в третью страну, а в другой город страны, из которой прилетела? Условно Кучинг-Сингапур-Куала-Лумпур

добрый день) возникнет.

У Вас обязательное условие транзита, это перелёт из одной страны в третью, если Вы летите Малайзия - Сингапур - Малайзия, то Вы уже не подпадаете под транзитные условия и нужно получить Визу для пребывания в Сингапуре