Вопрос по визе , лечу из Болгарии в Испанию с многократным болгарским Шенгеном, обратно планирую в Стамбул через Германию или Нидерланды/Бельгия

В город выходить можно т.к. у вас виза не транзитная. Нет проблем.

Только не понятно всё еще с европейскими авиаперевозчиками, посадят ли они гражданина рф в самолёт

У вас не будет границ, вы путешествуете в шенгене. Никаких проблем с перечисленными странами нет.

Иногда на вылете из Германии могут спросить где были

не будет проблем, в город выйти можно