С 7 на 8 мая рейс СПб-Стамбул-Хельсинки был отменен. Мы ( мама и папа гражданки Финляндии без ВНЖ с обычной финской визой по приглашению)

Если транзитом то вам не обязательно «въезжать в страну» (проходить паспортный контроль при выходе с зоны прилета аэропорта). Можно просто дождаться своего рейса по идее. В Стамбуле никаких проблем точно не будет. Но какие-то страны не пускают россиян по визам даже через транзит, но португалия в их число не входит и по идее все должно быть в порядке

Без проблем. Скорее всего даже без единого вопроса.

(Разумеется если виза C-mult)