Подскажите, пожалуйста, если покупать билет на shinkansen в Токио в кассе, выгоднее получается, чем на klook?

Выгоднее.

Сколько klook показывает?

Выгоднее 100%.Если не на фудзи едете, где большой поток, то без брони места точно купите на месте , с местом скорее всего то же будет.