Собираюсь в Молдову, загранпаспорте молдавская печать, что проживаю в России. Могут быть проблемы в Молдове?

Проблем не будет. Эта печать имеет значение только для Молдовы и говорит о том, что у вас нет булетина. Но для полноценного использования прав гражданина (заключить договор банковской карты и т.п.) по приезду можете оформить булетин, в т.ч. временный, который делается за 30 минут.