Открыта виза по определенной даты включительно, выезд из Латвии в эту же дату через Эстонию.Автобус в Лухаама в ночь с допустимой даты на следующий день. Будет ли это нарушением срока выезда или какие то санкции?

Это нарушение.Вы должны уже пройти границу до 24:00 Если вам так важно именно вечером выезжать - можете воспользоваться трансфером до Пскова. Есть кто выезжают и в 17:30 и в 20:30 - так успеете пересечь границу. Примерно 3 часа до границы