Скажите, пожалуйста, когда трип ком указывает «предоплата онлайн», это часть я плачу сейчас, а часть при заселении? Или это как-то иначе работает?

Это значит, что вы сразу оплачиваете все проживание в отеле без сложностей.

Там есть ещё способ "оплата в отеле", вот он как раз работает как вы описали, сначала платите всю сумму в приложении, потом в отеле, после выселения приложение вам вернет деньги.