Чем грозит, если въехали в Казахстан по загранпаспорту, а выехали по Российскому?

Ничем

Можете купить билет на российский паспорт, а пограничникам предъявить, загранпаспорт, или наоборот. Можно заехать по одному, выехать по другому.

Ни каких вопросов у проверки не возникнет. Только могут попросить второй паспорт показать.