Можно ли сделав тур визу Болгарии , поехать в Германию по ней из России,не останавливаясь в Болгарии(ведь теперь она в Шенгене)? Или обязательно въехать в Болгарию сначала?

Смотря какие дальше планы. Прямого запрета нет, но на границе Германии у вас точно могут быть быть вопросы, а в дальнейшем и с получением визы Болгарии.

Теоретически можно, если виза шенгенская. Но если в первую страну не заехать могут быть проблемы при получении следующего Шенгена.

в германии проблемы будут скорее всего, они очень не любят чужие не открытые визы