Взяли билеты Москва-Доха-Куала-Лумпур на трипкоме и там написано что багаж не до конечной точки, тк второй перелет не катарскими, а малазийскими. Как на самом деле? Может кто знает?

Вам в Дохе надо получить багаж и сдать снова на стойке регистрации

Странно, потому что если покупаешь билет на Quatar Airway из Москвы в КЛ, по второй рейс действительно Малазийскими авиалиниями, но багаж получать не нужно, т.к. билет единый и авиакомпании из одного объединения.

В любом случае, судя по тому, что пересадка в 1 час - это нормально для них, то 3 часа с багажом должно на все хватить.

Они в одном альянсе. Багаж на нужно получать. Вы в любом случае узнайте об этом при регистрации.