Подскажите, имеем на руках ВНЖ Греции. Собрались вылететь из Стамбула в Россию прямым самолетом. И потом вернуться обратно Москва-Стамбул.

А в чем проблема? У вас есть все что нужно. В Стамбуле и в Греции никому не нужен ваш внутренний Российский паспорт. Даже в Москве на паспортном контроле нужен только загранник. При поездке в Россию вообще никаких вопросов не будет. В Стамбуле покажете ваш пластик ВНЖ Греции или даже можно электронный вевеоси при получении посадочного талона и при посадке на самолёт. Запаситесь терпением и временем. Час должен быть в запасе.

И кстати, при наличии ВНЖ или вевеоси штамп в паспорт не ставят, не при выезде, не при въезде