Пробуем сделать уведомление о прибытии в РК, но eqonaq пишет недоступен, кто то сталкивался с этим? Он вообще работает когда нибудь? Я так понял что бы остаться на 90 дней мне нужно в течении 3 дней уведомить через гражданина РК?

Не вам надо уведомить через гражданина РК, а принимающей стороне (частное лицо, гостиница и т.п.). Это не ваша обязанность, ну если только принимающая сторона не родственники или друзья, которых вы не хотите подводить. Вы можете находиться в РК 90 дней без всяких дополнительных действий с вашей стороны. Еконак работает, но иногда сбоит.