Подскажите. Мы хотим в Токио снять квартиру, а не отель. В этом случае при получении японской визы не будет проблем?

Не будет

Никаких проблем. Также вам никто не запрещает для визы предоставить бронь отеля, которую потом можете отменить

Снимали на аирбнб, все нормально, показали оплаченный дом, визу дали