Кто имеет опыт путешествий с домашними животными, подскажите пожалуйста, «чистая зона аэропорта» может включать в себя отель при аэропорте?

может, уточняйте детали по конкретному аэропорту.

Транзит - любое пребывание в промежуточной стране не более трех дней (иногда 5)

У вас в евросертификате должен быть указан транзитный рейс, можете спокойно выходить из аэропорта и переночевать в гостинице. Главное, чтобы на момент прилёта в конечный пункт евросертификат был действителен (10 лней от выдачи).