Ехать и подаваться на визу в Японию будем в Санкт-Петербурге, но билеты до Японии оформили из Москвы. Подскажите, для подачи на визу необходимо также предоставить билеты из СПб до МСК и обратно?

Разницы нет

На всякий случай

Билеты нужны только те которые до Японии и из Японии

Поэтому если у вас к примеру билет Москва-Пекин-Токио то нужен только билет Пекин-Токио

Москва-Пекин их тоже не будет интересовать

Для визы важны билеты с прилетом в Японию, им не важно, ни СПб, ни Москва (а только Китай - Япония, если через Китай летите)

Только билет, которым влетаете в Японию. Условно

Я подавала только кусок Сеул Токио Сеул.