Подскажите, можно ли для получения визы в Японию указать , что будешь отдыхать только в Токио , а по факту по приезду съездить и в другие города ?

Можно

можно... но у вас должен быть на этот случай адекватный план.. вы должны показать, что именно вы будете делать в токие все это время. А после получения визы вы вообще в Токио можете даже не заезжать)