Заехал в Черногорию по одному РФ паспорту, хочу выехать по другому, т.к. первый будет на получении визы. Было ли у кого-то такое? Если да, то все ОК, или были проблемы?

Так нельзя. (не помню есть ли штраф)Но многие делают и если у пограничника нет вопросов-то порядок Глянул Статью. В ней речь не о многопаспортниках(это россияне такие уникальные) а о многогражданственных. И кмк не будет никаких проблем у Вас.