Может кто-то пожалуйста подсказать на счет транспорта? Хотим остановиться в одном городе и ездить в другой

Цените свое время. Транспорт стоит денег + толпы народа + возможные ошибки при маршруте (сели не на тот поезд) + непредвиденные случайности.

Пример - мы жили в Киото, ездили в Нагою (парк Гибли), Нару (олени), планировали Осаку (не поехали, форс-мажор по здоровью).

Это было оправдано, т.к. Большую часть времени мы провели в Киото.

А если бы жили в Осаке и мотались бы каждый день в Киото тусить - упоролись бы ужасно, плюс поездка, наверное, 1500 Йен на одного туда-обратно.

Вот и подумайте - оно вам надо?