Подскажите пожалуйста, если въезжал в Японию по QR коду, то при выезде предъявлять этот же код или надо регистрировать новый?

При выезде ничего не надо, но вас скорее всего выведут из очереди для таможенного оформления.

При выезде ничего не надо. И из очереди уже не выводят, а прямо в ней дают заполнить анкету с указанием того сколько валюты вывозите. По крайней мере так было при вылете китайцами из Ханеды на прошлой неделе.