Слышала, что в Йокогаме жилье снять дешевле, чем в Токио.

Привет! Метро Токио это метро Токио. То, что вы перечисляете - то города неподалеку. Ездить относительно не далеко до них, они коннектятся с Токио ЖД сообщением. Но это не метро с проездным «безлимит». Это другие билеты, так что вам придется платить полные стоимости поездки на поездах исходя из того, что вы хотите туда-сюда кататься. Можно билет каждый раз покупать в кассе, можно карточкой (местные «тройка»/«подорожник» как в Мск или Спб) оплачивать - не имеет значения.