У меня виза D в Испании. Скажите как считают дни пребывания в стране?

По паспорту и штампам. Если сотрудник не сможет разобраться, то это легко станет проблемой держателя паспорта, т. к. доказывать и обращать внимание на факт соблюдения ценза оседлости, расписывая даты выездов/въездов придётся владельцу по дозапросу . Если в паспорте полная каша и десятки штампов за период, имеет смысл свести эту информацию в понятную табличку / пояснение, и предоставить доп. файлом.