Виза в Японию. Если едем вдвоем, но не женаты, нам необходимы две копии броней отелей распечатывать, чтобы каждый вложил свою версию? Или как то совместно подается?

Сделайте 2.

Если один и тот же номер, то и броньотеля и программа общая идут в рассмотрение. Обычно все делают 2 копии а потом им возвращают 1 копию в окошке при пересмотре документов. это ок и никак не наказывается.