Подскажите пожалуйста порядок действий. Если я хочу добавить себе два несвязанных одним направлением видов деятельности (

Нет, заявление на Малый бизнес подаётся одно. Если оба направления под него подходят, можете сразу из добавить, как основное и дополнительное. В инфокарте под них добавите два кода. Если одно не подходит, а подходит только под общую систему налогообложения, то его добавите кодом в инфокарту и будете вести отдельно по общей системе. Также направления Малого статуса и иные направления можете потом добавлять кодами в инфокарте.

Можете внести корректировки в свое заявление по Малому статусу и убрать ненужное направление, если туда его вносили.