У кого есть ИП/ТОО в Казахстане, можете ли подсказать как быть в ситуации когда за отчётный период расходов было в 3 раза больше чем дохода.

Сдаёте как обычно, только к уплате ничего не будет, будет только НДС зачетный. Это зачетный сядет на лицевой и сможете в дальнейшем в следующем отчётном периоде использовать для уменьшения НДС к уплате если возникнет.