Как думаете, может так оказаться, что после получения первого внж Португалии можно ехать в другую страну Европы только через три месяца?

Не полное, а ограниченное теми же 90/180, насколько знаю. поэтому и вопрос, пересекается ли 90/180 до получения внж с 90/180 после внж. но вопрос, скорее риторический.

@Aleksey: Ну да, если поехали куда-нибудь во Францию дольше, чем на 3 месяца, по-хорошему там тоже надо временный внж просить, в соответствии с основаниями. А так можно ехать сразу после получения карточки внж.

@Aleksey: Ну с чего вдруг ограниченное,? Вы зачем-то объединили необъединяемое и пытаетесь этот винегрет рассматривать на полном серьезе. Предлагаю довести ситуацию до абсурда и подставить вместо ВНЖ - паспорт гражданина. Шенген визы не работают, если есть внж, ПМЖ или гражданство - 2 разных закона, один для туристов, второй для обладателей документов ЕС- поэтому их сроки и ваше нахождение по ним нерелевантны в описываемой ситуации.