Подскажите пожалуйста, сколько времени уходит на метро чтобы доехать от Осака до Киото? Есть ли смысл переплачивать за проживание в Киото или можно остановится в Осака и ездить?

Зависит конечно от конкретных станций, но примерно час.

Да, мы останавливались в Осаке, а в Киото три раза ездили.

Тоже хотела сначала в киото пожить, но ценники поэтому думаю остановимся в Осаке и просто будем ездить.

Электричка от Shin-Osaka до Kyoto station идет 25 минут, синкансен - 13 (но в 3 раза дороже)

Метро не соединяет эти города. Есть поезда. Где вам жить, решаете только вы. Это разные совсем города. Не заметила, чтобы в Киото было дороже Осаки.