Если жилье будет в Осаке и планируем оттуда ездить в Нару, Киото и другие города, то есть смысл в каждом городе докупать одну ночь, или туда-обратно с Осаке не так запарно?

Лучше жить в киото если не собираетесь жОска тусить в Осаке Я бы лучше поискала жилье в киото и съездила на 1 день Осака и 1 нара.

Мы жили в Осаке и объездили все окрестные города. Брали отдельные ночёвки только на Коясане в монастыре, чтоб ночью по кладбищу погулять и в Арима Онсен, чтоб подольше в онсенах потусить.

Мы бронировали отель в Киото на 5 дней. Съездили в Нару, Осаку, Кобе. Времени достаточно. Нет смысла бронировать отели на ночь в этих городах. Эти города находятся не так далеко.

Если есть JR Pass, то можно в одном месте. Я даже в Хиросиму из Осаки ездил.