DNI и NIE это разные вещи? Если есть возможность объясните по подробнее)

Да, разные DNI - только у граждан. NIE - это номер учёта иностранца в базе данных, получаете единожды в жизни,(как любая бумажная справка - бумажный носитель действует 90 суток). Есть еще карта удостоверения личности иностранца (часто её из-за невежества называют DNI - , но в реальности она имеет наименование TIE (тархета индитикасьон экстранхэро).

Это возможно, я получала эцп с подтверждением личности в консульстве. Им можно написать письмо и они довольно оперативно записывают на процедуру. С собой белый ние, паспорт и код подтверждения, сгенерированный через портал Монетного двора.

Судя по всему Вы имеете ввиду бумажный листик с номером NIE. Он действительно имеет срок действия 90 дней, но вроде как к этому строго нигде не относятся. ЭЦП я получала по этому листику в Питере. Надо сначала оформить запрос на ЭЦП, а потом записаться в консульство на подтверждение личности.