Если получить шенген другой страны и вместе с супругом гражданином Эстонии пересекать границу Эстонии, то пропустят? Кто-нибудь так делал уже?

Так и ездят. Свидетельство о браке возьмите.

Если муж живёт реально в Эстонии, можно и одной границу пересекать. С собой свидетельство о браке и копию его паспорта. Знать адрес проживания)) Ну и медстраховка, ес-сно.