Был у кого-то положительный опыт в получении шенгенской визы после отказа Эстонии по причине «угрозы безопасности» ? По Директиве может или просто другой страны ЕС?

В современных условиях опыт в подобных вопросах мало что значит, всё равно всё индивидуально. Если у Вас есть возможность получить по директиве, обязательно пробуйте, лучше Францию