Моему 16-ти летнему сыну надо улететь одному с Кипра в Москву, так как прямых рейсов нету, ему предстоит лететь через Армению, и я хотел спросить на каком языке должно быть сделано согласие на его перелет одному? На Русском или Армянском?

Сын с каким гражданством, на том языке и делайте Из РФ в Армению и обратно многие летают с согласием оформленным на русском языке точно без перевода на арм язык.

Уточните у авиакомпании. Если у сына гражданство РФ и он возвращается в страну своего гражданства, то с 16 лет вроде бы он может самостоятельно возвращаться просто со своим документом (на выезд из страны- еще нет!). И лететь на самолете с 16 лет тоже вроде может, во многих авиакомпаниях и с более раннего возраста. На армянском наверняка ничего не нужно.