У меня рейс Москва-Доха-Сиэтл- Финикс. До Сиэтла рейс выполняет Катар, дальше пересадка на авиалинии Аляски.

Кто должен забирать Ваш багаж ? Его нужно будет получить после прохождения границы США и сдать при регистрации на следующий рейс, в вашем случае до Финикса. По поводу где находиться терминал, в котором ак Аляска базируется, надо на месте смотреть, это же доместик, а не интернейшнл. В аэропорте всегда можно по месту сориентироваться.