Подскажите пожалуйста, я с молдавским паспортом в Португалии ожидаю внж по 89.2, могу ли я в это время вылетать за пределы страны ? По нему я как бы могу ездить без визы 90 дней в каждом полугодии.

Не можете. Если готовы рисковать всем процессом, ожидая права повторного въезда 90 дней вне Шенгена, то попробуйте. Но цена этого может быть весь ваш процесс, всё заново будете подавать. Такие примеры существуют.