При въезде в Казахстан не важно, что чип стоит после прививок, но не будет ли проблем, что чип поставлен почти на год позже прививок?

У вас чип должен быть раньше любой прививки от бешенства, не обязательно учитывать последнюю.

Лучше поставьте чип и сделайте ревакцинацию, перед поездкой ревакцинация лишней точно не будет, тем более что карантин 21 день ждать не нужно будет, если это ревакцинация в срок действия прививки.