Подскажите, пожалуйста, от Осаки до Токио, где лучше (можно выйти из поезда, автобусы ходят, красивая деревня и т. д.) и остановиться на ночь на берегу океана?

Атами, Сидзуока. Но это не деревни, в деревнях синкансен не останавливается. Вам насколько деревня нужна и как далеко от синкансена? Может, Атами устроит? Или от него немного вглубь полуострова Изу, там прям деревни есть.